Blackwater raconte, de 1919 aux années 1970, l’histoire d’une famille et de la petite municipalité de Perdido, en Alabama, située à la confluence des rivières Perdido et Blackwater. Alors que les tensions et les luttes de pouvoir marquent l’ascension du clan Caskey, des phénomènes étranges et horrifiques se produisent loin des regards, dans l’obscurité protectrice de la nature sauvage environnante.

Tandis qu’une puissante crue détruit la majeure partie de la ville, Elinor Dammert, une mystérieuse inconnue, est rescapée d’un hôtel inondé par l’héritier de la famille Caskey, qu’elle convaincra de l’épouser. Sous ses apparences irréprochables, la belle cache toutefois un lourd secret. Immergé dans les eaux rouges de la rivière, son corps se transforme et est taraudé par un appétit dévorant.

En abandonnant sa première fille à sa belle-mère Mary-Love, qui règne sur le clan, Elinor gagne la première bataille d’un jeu de stratégie qui lui procurera davantage de pouvoir et de plus en plus de richesses. Entre la rivière et la ville, une gigantesque digue s’élève, donnant aux humains l’impression d’avoir dominé la nature.

Lorsque la Grande Dépression s’abat sur les États-Unis, la maison familiale protégée par les chênes d’eau abrite des présences inquiétantes, qui murmurent dans les pièces inhabitées et grattent sur les portes verrouillées. La Seconde Guerre mondiale et l’exploitation du pétrole profiteront aux Caskey, qui sont guidés par les intuitions surnaturelles d’Elinor et fidèlement appuyés par les Sapp, qui les servent de génération en génération.

Cette saga familiale où les figures féminines mènent la danse et les rebondissements sont légion ne peut se conclure que d’une terrible manière, alors qu’une pluie diluvienne menace d’avaler de nouveau Perdido et tous ses habitants.