Au cours de la bataille sur le bateau de maître Sun, Edward trouve une alliée en la personne de Saito, son ancienne ennemie. Trahie par son propre camp, elle accepte d'aider le pirate à trouver le journal de bord d'Hendrick. Mais tous deux se retrouvent confrontés à un nouvel opposant, Mentor de la confrérie des Assassins de l'empire Ming.