Les Pokémon vivent en paix et en harmonie dans la forêt d'Okoya, loin de toute civilisation, à l'abri de l'influence des hommes. Au coeur de cet endroit paradisiaque, un Zarude recueille un bébé humain, Koko, et l'élève. Une histoire dont les événements se déroulent avant ceux de Pokémon, le film : les secrets de la jungle.