Jason Bourne se lance aux trousses d'un redoutable tueur qui se fait appeler Lennon et travaille pour Pyramide, une nouvelle organisation secrète. Mais la journaliste Abbey Laurent, ancienne amante de Jason, se retrouve dans le viseur de l'assassin tandis qu'elle enquête sur Pyramide. L'ex-agent de la CIA est d'autant plus déterminé à arrêter Lennon.