Depuis le décès de sa mère des suites d'une maladie, Uryû Kamihate souhaite faire des études de médecine à l'université de Kyôto. Désargenté et sans endroit où habiter, il accepte de vivre au sanctuaire Amagami auprès du prêtre et de ses trois filles : la douce et étourdie Yae, l'espiègle Asahi et la fervente Yuna. Uryû ne peut rester que s'il accepte d'épouser l'une des trois soeurs.